La Unidad dispone de las siguientes unidades de referencia especializadas:
- Unidad de referencia nacional CSUR de Epilepsia Refractaria.
- Unidad de referencia nacional CSUR de Cirugía de Trastornos del Movimiento.
- Unidad de referencia de Patología Hipotalámica Hipofisaria Compleja.
- Unidad de referencia de Andalucía para Radiocirugía.
- Unidad de referencia para Andalucía de Craneosinostosis Compleja.
- Unidad de cirugía espinal compleja
- Unidad de referencia para atención a las malformaciones arteriovenosas cerebrales y la patología vascular raquimedular
- Unidad de referencia para el tratamiento mediante neuromodulación del dolor refractario