En situaciones de alerta epidemiológica, el Laboratorio de Referencia de Virus dispone de capacidad para diagnóstico de los siguientes patógenos:
- Hepatitis
- Hepatitis A
- Hepatitis B
- Hepatitis C
- Meningitis/encefalitis víricas
- Enterovirus
- Parechovirus
- Virus Toscana (VTOS)
- Parotididitis
- Sarampión
- Virus Herpes Simplex (VHS)
- Virus Varicela-zóster (VVZ)
- Virus detectables en cultivo celular como Adenovirus
- Virus emergentes/importados como virus de la corimeningitis linfocitaria (VCML), Virus West Nile (VWN), Dengue, virus Chikungunya (VCHIK), etc.
- Enfermedades prevenibles por inmunización
- Parotiditis
- Poliovirus
- Rubéola
- Sarampión
- Gastroenteritis vírica aguda
- Rotavirus
- Adenovirus
- Norovirus
- Astrovirus
- Sapovirus
- Enfermedades exantemáticas
- Parvovirus B19 (eritema infeccioso)
- Coxsackievirus A (Síndrome boca-mano-pie)
- Sarampión
- Rubéola
- Infecciones del tracto respiratorio
- Red centinela de infección respiratoria aguda en atención primaria (virus de la gripe, virus respiratorio sincitial, SARS-CoV-2)
- Vigilancia de casos graves de infección respiratoria aguda (virus de la gripe, virus respiratorio sincitial, SARS-CoV-2)
- Otras enfermedades importadas/emergentes
- Virus Toscana
- Virus de la coriomeningitis linfocitaria
- Virus del Dengue
- Virus Chinkungunya
- Virus Zika
- Virus West Nile
- Virus de la fiebre hemorrágica Crimea Congo
- Virus de la fiebre amarilla
- Virus Oropouche